Tenha total cuidado ao utilizar a ferramenta, pois essa ação não poderá ser desfeita.
Acesse o módulo Produtos e Estoque >>> Inventário de Estoque.
Clique em Ações depois em Inventário em Massa.

Selecione o filtro que corresponda aos produtos que você deseja zerar completamente, nesse caso, utilizei apenas o filtro de categorias, para puxar somente bebidas. Depois clique em Pesquisar.

Note que ao lado do botão Pesquisar, tem uma caixinha de seleção, clique nela e informe a quantidade “0” (quantidade para os produtos), então clique em OK.

Clique em Confirmar e Fechar.

Para finalizar tudo de uma vez, basta clicar em Finalizar Inventário(s), ou se quiser retirar todos da fila (cancelar), clique em Deletar Inventário(s).
Insira o motivo e em tipo de ambiente marque: HOMOLOGAÇÃO. Ao confirmar, o estoque estará zerado, assim poderá repetir o processo em outras categorias.
OBS.: O sistema permite a alteração de 500 em 500 produtos, para não ocasionar instabilidade.Após aparecer a mensagem que foi finalizado, clique novamente em Finalizar, para fazer os próximos 500, e assim sucessivamente.